El objetivo de realizar un muestreo es medir la calidad fisicoquímica de las aguas tanto superficiales como subterráneas y determinar si las mismas pueden ser aptas para el consumo humano (previo tratamiento) para el caso de los APR, o si están libres de contaminantes provenientes de procesos mineros con aislación apropiada de elementos como pilas de lixiviación, piscinas, botaderos, entre otros.

Los resultados del análisis de las muestras de agua se integran con diagramas específicos para la evaluación e interpretación correcta de los resultados, ayudando a discriminar el origen de las aguas y sus posibles contaminantes, como por ejemplo los diagramas de Stiff y Piper.